蛋白质组学/蛋白质 - 蛋白质相互作用/耶拿链接

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实验数据

AllFuse (欧洲生物信息学研究所)

完整基因组中蛋白质的功能关联

http://cgg.ebi.ac.uk/services/allfuse/

ASEdb (哈佛大学)

Alanine Scanning Energetics DataBase

3D 蛋白质结构中热点数据库

http://thornlab.cgr.harvard.edu/hotspot/index.php

Bacteriome.org (多伦多大学)

细菌蛋白质相互作用数据库

在大肠杆菌知识库的背景下整合物理（蛋白质 - 蛋白质）和功能相互作用的数据库

http://www.bacteriome.org/

BID (德克萨斯农工大学)

Binding Interface Database

http://tsailab.org/BID/index.php

BioGRID (塞缪尔·卢南菲尔德研究所)

The General Repository for Interaction Datasets

遗传和物理相互作用数据库

http://www.thebiogrid.org/

BOND (汤姆森公司)

Biomolecular Object Network Databank

新的资源来执行对可用序列、相互作用、复合物和途径信息的跨数据库搜索

整合了一系列组件数据库，包括 Genbank 和 BIND，生物分子相互作用网络数据库

http://bond.unleashedinformatics.com/Action?

(加州大学洛杉矶分校)

Database of Interacting Proteins

http://dip.doe-mbi.ucla.edu/DIP

果蝇蛋白质相互作用图 (PIM) 数据库 (韦恩州立大学)

http://proteome.wayne.edu/PIMdb.html

EchoBASE (约克大学)

大肠杆菌的综合后基因组数据库

http://www.ecoli-york.org/

基因组知识库 (理化学研究所，理化学研究所)

整合各种类型的生物学和生物医学数据库，以发现与疾病相关的级联反应和药物靶点候选者

http://fuminobmt.gsc.riken.jp/big/Research/Genomic%20Knowledge%20Base%20Research%20Team/

HIV-1 - 人类蛋白质相互作用数据库 (NCBI)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/HIVInteractions/index.html

总结了 HIV-1 蛋白与宿主细胞蛋白、其他 HIV-1 蛋白或与 HIV/艾滋病相关的疾病生物体中的蛋白的所有已知相互作用

hp-DPI (国立卫生研究院)

Helicobacter Pylori Database of Protein Interactomes

结合实验和推断的相互作用

http://dpi.nhri.org.tw/protein/hp/ORF/index.php

HPID (仁荷大学)

Human Protein Intercation Database

http://wilab.inha.ac.kr/hpid/

HUGE ppi (筑波 DNA 研究研究所)

大型 KIAA 蛋白之间蛋白质 - 蛋白质相互作用的数据库

http://www.kazusa.or.jp/huge/ppi/

HUGE: Human Unidentified Gene-Encoded large proteins

http://www.kazusa.or.jp/huge/

人类蛋白质参考数据库 (约翰霍普金斯大学 & 印度生物信息学研究所)

一个平台，可以直观地展示和整合有关人类蛋白质组中每种蛋白质的结构域结构、翻译后修饰、相互作用网络和疾病关联的信息

http://www.hprd.org/

ICBS (加州大学)

Inter-Chain Beta-Sheets database

http://contact14.ics.uci.edu/index.html

KDBI (新加坡国立大学)

Kinetic Data of Bio-molecular Interactions 数据库

http://xin.cz3.nus.edu.sg/group/kdbi/kdbi.asp

KEGG BRITE (京都大学)

Biomolecular Relations in Information Transmission and Expression

生物实体的功能层次结构和二元关系

http://www.genome.ad.jp/brite/brite.html

MINT (CBM，罗马)

Molecular INTeractions database

生物分子之间功能相互作用的数据库：RNA、DNA、蛋白质

http://cbm.bio.uniroma2.it/mint/

DOMINO - DOMain peptide INteractiOns database,

描述蛋白质相互作用结构域介导的相互作用

http://mint.bio.uniroma2.it/domino/search/searchWelcome.do

molmovdb.org (耶鲁大学)

具有相关灵活性和几何分析工具的大分子运动数据库

http://molmovdb.mbb.yale.edu/

MPact (MIPS)

酵母蛋白质 - 蛋白质相互作用数据包含在

http://mips.gsf.de/genre/proj/mpact/index.html

Comprehensive Yeast Genome Database

http://mips.gsf.de/genre/proj/yeast/index.jspCYGD

MPPI (MIPS)

Mammalian Protein-Protein Interaction database

http://mips.gsf.de/proj/ppi/

PDZBase (康奈尔大学威尔医学院)

专门针对涉及 PDZ 结构域的相互作用的手动整理的蛋白质 - 蛋白质相互作用数据库

http://icb.med.cornell.edu/services/pdz/start

PepCyber: P~PEP (明尼苏达大学)

人类蛋白质 - 蛋白质相互作用数据库，这些相互作用由磷蛋白结合结构域 (PPBD) 介导

http://pepcyber.umn.edu/PPEP/

POINT (国立卫生研究院 & 国立台湾大学)

基于可用的直系同源相互作用组数据集预测人类蛋白质 - 蛋白质相互作用组的功能数据库

整合了几个公开可用的数据库，重点放在从相互作用蛋白质数据库 (DIP) 中提取大量小鼠、果蝇、蠕虫和酵母蛋白质 - 蛋白质相互作用数据集，然后将它们转换为预测的人类相互作用组

http://phos.bioinformatics.tw/

PRIME (东京大学人类基因组中心)

PRotein Interactions and Molecular Information databasE

基于自然语言处理的集成基因/蛋白质信息学数据库

http://prime.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/

ProtoArray&reg (Invitrogen)

http://www.invitrogen.com/content.cfm?pageid=10400

蛋白质相互作用数据库 (蛋白质休息室)

该数据库列出了数千种人类蛋白质 - 蛋白质相互作用

通过对数百条信号转导途径的深入研究创建

http://www.proteinlounge.com/inter_home.asp

蛋白质相互作用图 - PIM (Hybrigenics)

功能蛋白质组学软件平台，专门用于探索蛋白质途径

PIM 可用于幽门螺杆菌、丙型肝炎病毒、果蝇和 TGF-Beta

http://pim.hybrigenics.com/pimrider/pimriderlobby/PimRiderLobby.jsp

使用小鼠全长 cDNA 的蛋白质 - 蛋白质相互作用面板 (理化学研究所，横滨研究所)

参见 Suzuki 等，Genome Res。2001, 11, 1758-1765。[PubMed]

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=Retrieve&dopt=AbstractPlus&list_uids=11591653&query_hl=5&itool=pubmed_docsum

http://genome.gsc.riken.go.jp/ppi/

蛋白质 - 蛋白质相互作用查看器 [+ FANTOM2 查看器] (理化学研究所横滨研究所)

http://fantom21.gsc.riken.go.jp/PPI/

PSIbase (生物系统系，KAIST & BiO 中心)

所有蛋白质的结构相互作用图

http://psibase.kobic.re.kr/

Repair-FunMap (坦普尔大学)

提供与细胞中 DNA 修复过程相关的蛋白质的功能网络的数据库

能够生成围绕感兴趣蛋白质的相互作用蛋白质的功能图

http://guanyin.chem.temple.edu:8080/FunMap/index.html

SNAPPIView (邓迪大学)

Structures, iNterfaces and Alignments for Protein-Protein Interactions

在结构数据中观察到的结构域 - 结构域相互作用的面向对象的数据库

http://www.compbio.dundee.ac.uk/SNAPPI/downloads.jsp

SPIN-PP 服务器 (哥伦比亚大学)

Surface Properties of INterfaces - Protein Protein interfaces

PDB 中所有蛋白质 - 蛋白质相互作用的数据库

http://trantor.bioc.columbia.edu/cgi-bin/SPIN/

酵母相互作用蛋白质数据库 (金泽大学)

使用遗传网络可视化系统查看酵母蛋白质相互作用组数据

http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/Y2H/

http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/webgen/webgen.html

酵母蛋白质链接图数据 (华盛顿大学)

http://depts.washington.edu/sfields/yp_interactions/index.html

YPD&#8482 (BIOBASE)

Yeast Proteome Database

酿酒酵母蛋白质的综合知识资源

http://www.biobase-international.com/pages/index.php?id=ypd

预测

ADAN (EMBL)

预测蛋白质 - 蛋白质相互Action of moDular domAiNs

http://adan-embl.ibmc.umh.es

AtPID (东北林业大学)

Arabidopsis Thaliana Protein Interactome Database

了解拟南芥中基因功能和生物过程的系统级理解的丰富信息来源

整合来自多种生物信息学预测方法的数据以及从文献中手动收集的信息

包含与蛋白质 - 蛋白质相互作用、蛋白质亚细胞定位、直系同源图、结构域属性和基因调控相关的数据

http://atpid.biosino.org/

大肠杆菌预测蛋白质相互作用数据库 (奥托诺玛大学坎托布兰科)

计算机模拟双杂交系统，用于预测整个大肠杆菌基因组的相互作用伙伴

http://www.pdg.cnb.uam.es/i2h/

Fly-DPI (国立卫生研究院)

用于预测果蝇蛋白质相互作用网络的统计模型

http://flydpi.nhri.org.tw/protein/fly/general_search/

Genes2Networks (西奈山医学院)

使用哺乳动物蛋白质相互作用数据库连接基因符号列表

功能强大的基于网络的软件，可以帮助解释基因和蛋白质列表

可用于从种子列表中查找基因和蛋白质之间的关系，并预测可能在共同通路或蛋白质复合物中发挥关键作用的其他基因或蛋白质

http://actin.pharm.mssm.edu/genes2networks/

HAPPI (印第安纳大学信息学院，普渡大学理学院)

Human Annotated and Predicted Protein Interaction database

从公共来源收集或通过计算推断

http://bio.informatics.iupui.edu/HAPPI/

HPID (仁荷大学)

Human Protein Interaction Database

http://wilab.inha.ac.kr/hpid/

ICBS (加州大学)

Inter-Chain Beta-Sheets

由链间β折叠形成介导的蛋白质-蛋白质相互作用数据库

http://contact14.ics.uci.edu/index.html

INTERPARE (韩国生物科学与生物技术研究所国家基因组信息中心和BiO中心)

蛋白质“界面组”数据库

包含具有已知3D结构的蛋白质的大规模界面数据

http://interpare.net/

NOXclass (马克斯·普朗克信息学研究所)

SVM（支持向量机算法）分类器，用于识别蛋白质-蛋白质相互作用类型

http://noxclass.bioinf.mpi-inf.mpg.de/

OPHID (安大略癌症研究所和多伦多大学)

Online Predicted Human Interaction Database

旨在成为实验室科学家探索已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用的资源，并促进探索蛋白质相互作用网络的生物信息学倡议

http://ophid.utoronto.ca/

PIBASE (加州大学)

蛋白质域对之间结构定义的界面的综合数据库

http://alto.compbio.ucsf.edu/pibase/

PPIDB (爱荷华州立大学)

从蛋白质数据库中可获得的所有蛋白质-蛋白质复合物中提取的蛋白质-蛋白质界面数据库

http://ppidb.cs.iastate.edu/index.htm

Predictome (波士顿大学)

使用44种微生物基因组的序列数据，推断蛋白质之间潜在联系的数据库

http://predictome.bu.edu/static/sources.html

PreSPI (信息与通信大学)

PREdiction System for Protein Interaction

基于域组合的蛋白质相互作用预测系统

http://prespi.icu.ac.kr/

PRIMOS (BIOMIS，FH哈根贝格)

PRotein Interaction and MOlecule Search) database

用于分析整合的蛋白质-蛋白质相互作用数据的综合知识门户

http://biomis.fh-hagenberg.at/isp/Primos/

PRISM (科奇大学)

PRotein Interactions by Structural Matching

探索蛋白质界面并预测蛋白质-蛋白质相互作用

http://gordion.hpc.eng.ku.edu.tr/prism/

PRODISTIN 网站 (LGPD/IBDM，CNRS)

网络服务，用于从任何类型的相互作用网络中对基因/蛋白质进行功能分类

http://crfb.univ-mrs.fr/webdistin/

Prolinks 数据库 (加州大学)

用于预测蛋白质之间功能联系的推理方法集合

方法包括系统发育谱方法，该方法使用蛋白质在多个基因组中的存在和不存在来检测功能联系；基因簇方法，该方法使用基因组邻近性来预测功能联系；罗塞塔石碑，该方法使用第二个生物体中的基因融合事件来推断功能相关性；以及基因邻居方法，该方法使用基因邻近性和系统发育分布来推断联系

http://www.doe-mbi.ucla.edu/Services/MTBreg/prolinks.html

SNAPPI-Predict (邓迪大学)

Structures, iNterfaces and Alignments for Protein-Protein Interactions

蛋白质-蛋白质相互作用预测程序

http://www.compbio.dundee.ac.uk/SNAPPI/predict.jsp

SPIDer (北京师范大学)

酵母预测的蛋白质-蛋白质相互作用网络数据库

通过测量两个基因本体论 (GO) 术语之间的相对特异性相似度 (RSS)，重建酵母蛋白质相互作用网络的有效方法

http://cmb.bnu.edu.cn/SPIDer/index.html

网络工具

APID (癌症研究中心)

Agile Protein Interaction DataAnalyzer

交互式网络工具

所有已知的实验验证的蛋白质-蛋白质相互作用

http://bioinfow.dep.usal.es/apid/index.htm

ADVICE (信息通信研究所)

Automated Detection and Validation of Interaction by Co-Evolution

蛋白质-蛋白质相互作用的预测和验证

http://advice.i2r.a-star.edu.sg/

BioLayout Java (EMBL)

用于相似性和网络可视化的自动图形布局算法

http://cgg.ebi.ac.uk/services/biolayout/

eFsite (大阪大学)

Electrostatic surface of Functional-SITE

蛋白质功能位点分子表面的数据库，在活性位点的康诺利表面上显示静电势和疏水特性

http://ef-site.hgc.jp/eF-site/

表达式分析器 (欧洲生物信息学研究所)

使用表达式数据探索蛋白质相互作用数据

http://ep.ebi.ac.uk/EP/PPI/

FunSimMat (马克斯·普朗克信息学研究所)

Functional Similarity Matrix

全面的功能相似性数据库

http://funsimmat.bioinf.mpi-inf.mpg.de/

IntAct 项目 (欧洲生物信息学研究所)

用于存储、展示和分析蛋白质相互作用的数据库和工具包

http://www.ebi.ac.uk/intact/index.html

InterPreTS (EMBL)

蛋白质INTERaction PREdiction through Tertiary Structure

http://speedy.embl-heidelberg.de/people/patrick/interprets/index.html

InterProSurf (德克萨斯大学医学分部)

用于预测非蛋白质表面功能位点的网络服务器

http://curie.utmb.edu/

InterViewer (仁荷大学)

大规模蛋白质相互作用网络的可视化

http://interviewer.inha.ac.kr/

InterWeaver (信息通信研究所)

相互作用报告的网络服务器

http://interweaver.i2r.a-star.edu.sg/

iPPI (古巴国家生物信息学中心)

通过同源性搜索推断蛋白质-蛋白质相互作用

http://www.bioinfo.cu/iPPI.html

IPPRED (波尔多生物信息学中心)

蛋白质相互作用推断服务器

通过同源性搜索推断相互作用

http://cbi.labri.fr/outils/ippred/IS_part_simple.php

iSPOT (罗马大学)

由肽识别模块家族介导的蛋白质-蛋白质相互作用预测

http://cbm.bio.uniroma2.it/ispot/

Medusa (EMBL)

与 *::http://string.embl.de/STRING 蛋白质相互作用数据库的接口

通用图形可视化工具

http://www.bork.embl-heidelberg.de/medusa/

NetAlign (中国科学技术大学蛋白质晶体学实验室)

用于比较蛋白质相互作用网络的基于网络的工具

http://www1.ustc.edu.cn/lab/pcrystal/NetAlign/

PathBLAST (怀特黑德研究所)

网络比对和搜索工具，用于比较不同物种的蛋白质相互作用网络，以识别进化中保存的蛋白质通路和复合物

http://www.pathblast.org/

PEDANT (德国亥姆霍兹环境研究中心)

Protein Extraction, Description, and Analysis Tool（蛋白质提取、描述和分析工具）

http://pedant.gsf.de/

PDBSiteScan (俄罗斯科学院细胞学与遗传学研究所)

旨在搜索结构上类似于已知活性位点、结合位点和翻译后修饰位点的 3D 蛋白质片段

http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/systems/fastprot/pdbsitescan.html

(西班牙国家生物技术中心)

接触预测服务器

http://www.pdg.cnb.uam.es:8081/pdg_contact_pred.htmlPDGcon

PIMWalker^TM (Hybrigenics)

用于显示蛋白质相互作用网络的交互式工具

http://pim.hybrigenics.com/pimriderext/pimwalker/

PIVOT (特拉维夫大学)

Protein Interactions VisualizatiOn Tool（蛋白质相互作用可视化工具）

http://www.cs.tau.ac.il/~rshamir/pivot/

Protein3D Home (LECB)

http://protein3d.ncifcrf.gov/tsai/frame/main.html

蛋白质-蛋白质相互作用服务器 (伦敦大学学院)

3D 结构

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/PP/server/server_help.html

SCOWLP (德累斯顿工业大学)

Structural Characterization Of Water, Ligands and Proteins（水、配体和蛋白质的结构表征）

基于网络的关系数据库，描述了PDB界面在原子、残基和结构域级别的相互作用

http://www.scowlp.org/

SPIN-PP 服务器 (哥伦比亚大学)

Surface Properties of INterfaces - Protein Protein interfaces

蛋白质数据库中所有蛋白质-蛋白质相互作用的数据库

http://trantor.bioc.columbia.edu/cgi-bin/SPIN/

STRING (EMBL)

Search Tool for the Retrieval of INteracting Genes/proteins（用于检索相互作用基因/蛋白质的搜索工具）

大量生物体的已知和预测蛋白质-蛋白质相互作用的数据库

相互作用包括直接（物理）和间接（功能）关联

数据来自四个来源：基因组背景、高通量实验、（保守）共表达和现有知识

http://string.embl.de/

YETI (爱丁堡大学)

Yeast Exploration Tool Integrator（酵母探索工具整合器）

用于可视化/分析酿酒酵母中可用后基因组数据集的工作台工具

http://www.yetibio.com/

参考文献

↑ http://www.imb-jena.de/jcb/ppi

[1] ttp://www.imb-jena.de/jcb/ppi

[1]

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预测

相关域、通路和网络数据库

网络工具

参考文献