GENtle/比对

比对。

比对模块显示 DNA 和氨基酸序列的比对。它可以通过工具/比对或Ctrl-G.

设置对话框

设置对话框将在模块启动时或通过工具栏中的“设置”按钮调用。 要比对的序列、它们的顺序以及比对算法及其参数都可以在这里选择。 以下算法可用

Clustal-W	这种（默认）算法生成高质量的比对，但对于简单的比对来说速度较慢，并且有时会遇到局部比对的困难。
Smith-Waterman	一种内部的、快速但简单的局部比对算法，即将一个或多个短序列与一个长序列进行比对。 长序列必须是第一个。 它非常适合检查测序数据是否与预期序列一致。
Needlemann-Wunsch	一种内部的、快速但简单的全局比对算法，即比对长度大致相同的序列（例如，基因的不同等位基因）。 与 Smith-Waterman 一样，所有比对都是针对第一个序列进行的。

注意事项： 在此对话框中单击确定将重新计算比对； 上一个比对以及对其进行的所有手动更改将丢失。

工具栏

工具栏中可以调用多个功能和显示选项

• 输入序列
• 打开序列
• 保存序列
• 打印序列
• 设置
• 水平模式
• 鼠标中键功能

视图菜单

一些显示选项可以相互组合

• 粗体（以粗体显示字符）
• 单色（黑白模式）
• 保守（以点显示与第一行字符匹配的字符）
• 同一性（切换“同一性”行）

其中一些选项相互排斥

• 普通（在白色背景上显示彩色文本）
• 反向（在彩色背景上显示白色文本）

目前计划了其他一些显示选项，但尚未实现。

序列显示

可以通过上下文菜单更改序列图。 这些更改只会更改显示，不会重新计算比对。

• 可以将行向上或向下移动
• 可以显示或隐藏每行的特征。 默认情况下，第一行的特征将显示，其他行的特征将隐藏。
• 可以在此行中或除了此行以外的所有行中插入或删除间隙。 这四种可能的函数之一还会分配给鼠标中键； 此设置可以在工具栏中更改。
• 双击一个字符（不是间隙）将打开该序列的“源”窗口（如果可用），标记并显示比对中单击的位置。 这对于检查测序很有帮助。
• 可以在多行上标记序列，然后通过外观上下文菜单对其进行格式化。

序列不能在比对模块内编辑。 为此，您需要编辑原始序列，然后重新运行比对。

备注

• ClustalW 共识行的图例

* = 比对中所有序列中相同或保守的残基

: = 表示保守的替换

. = 表示半保守的替换