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GENtle/序列图

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GENtle 手册

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序列图。

序列图被大多数 GENtle 模块使用。它显示 DNA 或氨基酸的序列,以及引物、特征、限制性酶位点等等。然而,基本行为总是相似的。

双击通常会打开序列的编辑器

上下文菜单

[编辑 | 编辑源代码]

上下文菜单中可用的功能会根据使用序列图的模块、其状态和选择而有所不同。

编辑序列 开启编辑模式
转换序列 反转和/或互补序列(仅限DNA 模块)
限制酶 限制酶,以使序列中只有低于特定切割数的酶被显示(仅限DNA 模块)
PCR 比较 DNA 图
选择 比较 DNA 图
复制为图像 将序列图作为位图复制到剪贴板(注意:这样的位图可能会占用大量内存,具体取决于序列的长度)
另存为图像 以多种图像格式保存序列图
打印序列 打印序列

整个序列可以通过Ctrl-A来标记。可以通过Ctrl-F调用查找 对话框。这两个功能也可以通过菜单调用。

在 DNA 和 PCR 模块中,氨基酸阅读框可以通过以下按键切换

  • Ctrl-1= 阅读框 1
  • Ctrl-2= 阅读框 2
  • Ctrl-3= 阅读框 3
  • Ctrl-4= 阅读框 1,互补链
  • Ctrl-5= 阅读框 2,互补链
  • Ctrl-6= 阅读框 3,互补链
  • Ctrl-7= 所有阅读框,单字母代码
  • Ctrl-8= 仅已知阅读框(来自特征)
  • Ctrl-0= 隐藏氨基酸
  • Ctrl-W= 三字母代码(不适用于显示所有阅读框的情况)
  • Ctrl-Q= 单字母代码

编辑模式

[编辑 | 编辑源代码]

可以通过F2或工具栏来切换显示模式和编辑模式。在编辑期间,序列显示会被最大化,DNA 图会被隐藏,以提高编辑的便利性。根据当前模块,只有某些按键默认允许(在 DNA 模块中,默认情况下允许“A”、“C”、“G”和“T”);任何其他按键都会触发请求,允许在该会话中对该序列的所有按键进行操作。光标的移动类似于文本编辑器中的移动。可以切换插入模式和覆盖模式,但某些模块除外,例如 PCR 或测序,这些模块强制使用覆盖模式。在这些模块中,退格键和删除键也被禁用。

在 PCR 模式下编辑引物时,“.”键会分别从 3'→5' 或 5'→3' 序列复制当前位置的碱基。

水平模式

[编辑 | 编辑源代码]

在某些模块中,可以将序列显示切换为水平模式。这可以增强可视性。但是,打印始终以标准(“垂直”)模式进行。

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