GENtle/DNA 地图
外观
< GENtle
DNA 地图用于显示 DNA 序列(尽管在 蛋白质 模块中也使用了一种变体用于示意图显示)。它将线性或环状(例如,质粒)DNA 序列显示为地图。
显示:
对 | 鼠标按钮 | 功能 |
---|---|---|
背景 | 左键 | 标记序列 |
左键(双击) | 打开 序列编辑器 | |
中键 | 在序列中显示标记的 DNA;如果没有任何标记,则显示序列中的当前位置 | |
特征 | 左键 | 移动特征显示 |
左键(双击) | 编辑特征(请参见 序列编辑器) | |
中键 | 标记与特征匹配的 DNA | |
中键(shift按下) | 扩展当前标记区域以包括特征的 DNA | |
限制酶位点 | 左键 | 移动位点显示 |
左键(双击) | 编辑酶列表(请参见 序列编辑器) | |
中键 | 打开 限制酶助手 | |
开放阅读框 | 左键 | 标记 ORF 序列 |
左键(双击) | 标记并显示 ORF 序列 | |
全部 | 右键 | 上下文菜单 |
上下文菜单在 DNA 地图内的某个位置右键单击时打开。菜单的内容取决于你在地图中单击的哪个对象。此外,根据对象的属性,某些功能可能不可用,例如,没有阅读框的特征的氨基酸。
编辑序列 | 打开 序列编辑器 |
转换序列 | 使序列反转和/或互补 |
限制酶 | 将酶限制为最多切割 n 次的酶 |
PCR/PCR | 启动 PCR 模块 |
PCR/正向 | 启动 PCR 模块 并生成一个 5'->3'- 引物 |
PCR/反向 | 启动 PCR 模块 并生成一个 5'->3'- 引物 |
PCR/两者 | 启动 PCR 模块 并生成两个引物 |
PCR/突变 | 启动 PCR 模块 并生成重叠的诱变引物 |
选择/剪切 | 删除序列的选定部分并将其放入剪贴板 |
选择/复制 | 将序列的选定部分复制到剪贴板 |
选择/复制到新序列 | 基于选择生成一个新的 DNA 序列条目 |
选择/显示在此切割的酶 | 打开 沉默突变 对话框的变体,用于序列的选定部分 |
选择/选择作为新特征 | 为序列的选定部分生成一个新的特征 |
选择/提取氨基酸 | 提取 DNA 序列选定部分的氨基酸序列 |
选择/BLAST 氨基酸 | 对 DNA 序列选定部分的氨基酸序列运行 BLAST 搜索 |
选择/BLAST DNA | 对 DNA 序列选定部分运行 BLAST 搜索 |
序列图/另存为图像 | 将 DNA 地图保存为图像文件 |
序列图/将图像复制到剪贴板 | 将 DNA 地图作为位图或 WMF(请参见 选项)复制到剪贴板 |
序列图/打印地图 | 打印 DNA 地图 |
显示/隐藏 ORF | 切换开放阅读框显示 |
编辑 ORF | 调整开放阅读框显示 |
编辑限制酶 | 通过 序列编辑器 添加/删除/管理限制酶 |
显示/隐藏酶 | 切换酶的可见性(这将影响此序列中该酶的所有限制酶位点) |
删除酶 | 从当前选择中删除酶(这将影响此序列中该酶的所有限制酶位点)。 这不会对自动添加的酶起作用(请参见 选项) |
标记限制酶位点 | 标记该酶在该限制酶位点的识别序列 |
标记并显示限制酶位点 | 标记该酶在该限制酶位点的识别序列并在序列中显示它 |
在线酶信息 | 打开该酶的 ReBase 页面 |
添加到混合物 | 这将酶添加到限制酶混合物中(请参见 限制酶助手) |
添加到混合物 | 这将酶添加到限制酶混合物中(请参见 限制酶助手)并启动限制 |
编辑特征 | 编辑特征属性(请参见 GENtle/序列编辑器) |
隐藏特征 | 从显示中隐藏特征 |
删除特征 | 删除特征 |
DNA 序列/标记特征序列 | 标记与特征匹配的 DNA 序列 |
DNA 序列/标记并显示特征序列 | 标记与特征匹配的 DNA 序列并在序列中显示它 |
DNA 序列/复制(编码)DNA 序列 | 将与特征匹配的 DNA 序列复制到剪贴板 |
DNA 序列/此特征作为新序列 | 基于特征生成一个新的 DNA 序列 |
DNA 序列/BLAST DNA | 对特征的 DNA 运行 BLAST 搜索 |
氨基酸序列/复制氨基酸序列 | 将特征的氨基酸序列复制到剪贴板 |
氨基酸序列/作为新条目 | 基于特征的氨基酸序列生成一个新的蛋白质条目 |
氨基酸序列/Blast 氨基酸 | 对特征的氨基酸序列运行 BLAST 搜索 |
作为新特征 | 从 ORF 生成一个新的特征,具有适当的阅读框和方向 |
DNA 序列/复制 DNA 序列 | 将 ORF 的 DNA 序列复制到剪贴板 |
DNA 序列/作为新 DNA | 基于 ORF 的 DNA 序列生成一个新的 DNA 序列条目 |
DNA 序列/BLAST DNA | 对 ORF 的 DNA 序列运行 BLAST 搜索 |
氨基酸序列/复制氨基酸序列 | 将 ORF 的氨基酸序列复制到剪贴板 |
氨基酸序列/作为新 AA | 基于 ORF 的氨基酸序列生成一个新的蛋白质条目 |
氨基酸序列/BLAST 氨基酸 | 对 ORF 的氨基酸序列运行 BLAST 搜索 |