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GENtle/DNA 地图

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GENtle 手册

关于 - 常见问题解答 - 设置 - DNA - 蛋白质 - PCR 和引物设计 - 测序 - 比对 - 计算器 - 虚拟凝胶 - 图像查看器 - 工具和对话框 - Web 界面 - 图表和绘图 - DNA 地图 - 序列图 - 点图 - 限制酶识别

DNA 地图。

DNA 地图用于显示 DNA 序列(尽管在 蛋白质 模块中也使用了一种变体用于示意图显示)。它将线性或环状(例如,质粒)DNA 序列显示为地图。

显示:

  • 特征(包括可选的 测序引物
  • 限制酶位点
  • 粘性末端(如果有)
  • 开放阅读框(可选)
  • 序列名称和长度(可选,请参见 选项
  • 甲基化(可选,请参见 选项
  • GC 含量(可选,请参见 选项

鼠标操作

[编辑 | 编辑源代码]
鼠标按钮 功能
背景 左键 标记序列
左键(双击) 打开 序列编辑器
中键 在序列中显示标记的 DNA;如果没有任何标记,则显示序列中的当前位置
特征 左键 移动特征显示
左键(双击) 编辑特征(请参见 序列编辑器
中键 标记与特征匹配的 DNA
中键(shift按下) 扩展当前标记区域以包括特征的 DNA
限制酶位点 左键 移动位点显示
左键(双击) 编辑酶列表(请参见 序列编辑器
中键 打开 限制酶助手
开放阅读框 左键 标记 ORF 序列
左键(双击) 标记并显示 ORF 序列
全部 右键 上下文菜单

上下文菜单

[编辑 | 编辑源代码]

上下文菜单在 DNA 地图内的某个位置右键单击时打开。菜单的内容取决于你在地图中单击的哪个对象。此外,根据对象的属性,某些功能可能不可用,例如,没有阅读框的特征的氨基酸。

编辑序列 打开 序列编辑器
转换序列 使序列反转和/或互补
限制酶 将酶限制为最多切割 n 次的酶
PCR/PCR 启动 PCR 模块
PCR/正向 启动 PCR 模块 并生成一个 5'->3'- 引物
PCR/反向 启动 PCR 模块 并生成一个 5'->3'- 引物
PCR/两者 启动 PCR 模块 并生成两个引物
PCR/突变 启动 PCR 模块 并生成重叠的诱变引物
选择/剪切 删除序列的选定部分并将其放入剪贴板
选择/复制 将序列的选定部分复制到剪贴板
选择/复制到新序列 基于选择生成一个新的 DNA 序列条目
选择/显示在此切割的酶 打开 沉默突变 对话框的变体,用于序列的选定部分
选择/选择作为新特征 为序列的选定部分生成一个新的特征
选择/提取氨基酸 提取 DNA 序列选定部分的氨基酸序列
选择/BLAST 氨基酸 对 DNA 序列选定部分的氨基酸序列运行 BLAST 搜索
选择/BLAST DNA 对 DNA 序列选定部分运行 BLAST 搜索
序列图/另存为图像 将 DNA 地图保存为图像文件
序列图/将图像复制到剪贴板 将 DNA 地图作为位图或 WMF(请参见 选项)复制到剪贴板
序列图/打印地图 打印 DNA 地图
显示/隐藏 ORF 切换开放阅读框显示
编辑 ORF 调整开放阅读框显示

限制酶位点

[编辑 | 编辑源代码]
编辑限制酶 通过 序列编辑器 添加/删除/管理限制酶
显示/隐藏酶 切换酶的可见性(这将影响此序列中该酶的所有限制酶位点)
删除酶 从当前选择中删除酶(这将影响此序列中该酶的所有限制酶位点)。
不会对自动添加的酶起作用(请参见 选项
标记限制酶位点 标记该酶在该限制酶位点的识别序列
标记并显示限制酶位点 标记该酶在该限制酶位点的识别序列并在序列中显示它
在线酶信息 打开该酶的 ReBase 页面
添加到混合物 这将酶添加到限制酶混合物中(请参见 限制酶助手
添加到混合物 这将酶添加到限制酶混合物中(请参见 限制酶助手)并启动限制
编辑特征 编辑特征属性(请参见 GENtle/序列编辑器
隐藏特征 从显示中隐藏特征
删除特征 删除特征
DNA 序列/标记特征序列 标记与特征匹配的 DNA 序列
DNA 序列/标记并显示特征序列 标记与特征匹配的 DNA 序列并在序列中显示它
DNA 序列/复制(编码)DNA 序列 将与特征匹配的 DNA 序列复制到剪贴板
DNA 序列/此特征作为新序列 基于特征生成一个新的 DNA 序列
DNA 序列/BLAST DNA 对特征的 DNA 运行 BLAST 搜索
氨基酸序列/复制氨基酸序列 将特征的氨基酸序列复制到剪贴板
氨基酸序列/作为新条目 基于特征的氨基酸序列生成一个新的蛋白质条目
氨基酸序列/Blast 氨基酸 对特征的氨基酸序列运行 BLAST 搜索

开放阅读框

[编辑 | 编辑源代码]
作为新特征 从 ORF 生成一个新的特征,具有适当的阅读框和方向
DNA 序列/复制 DNA 序列 将 ORF 的 DNA 序列复制到剪贴板
DNA 序列/作为新 DNA 基于 ORF 的 DNA 序列生成一个新的 DNA 序列条目
DNA 序列/BLAST DNA 对 ORF 的 DNA 序列运行 BLAST 搜索
氨基酸序列/复制氨基酸序列 将 ORF 的氨基酸序列复制到剪贴板
氨基酸序列/作为新 AA 基于 ORF 的氨基酸序列生成一个新的蛋白质条目
氨基酸序列/BLAST 氨基酸 对 ORF 的氨基酸序列运行 BLAST 搜索
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