GENtle/数据库
GENtle数据库管理对话框是用于存储和检索序列的地方。DNA和氨基酸序列、引物、比对和项目都存储在数据库中，这些数据库可以是本地的（仅适用于一台计算机）或共享的（由整个工作组、研究所等使用）。
可以通过文件菜单、工具/管理数据库菜单、Ctrl-O和Ctrl-S键（分别为“打开”和“保存”），或工具栏中的相应按钮来访问“管理”选项卡。选项卡由两到三个部分组成
过滤部分允许对数据库条目进行过滤，以便下面的列表仅显示匹配的条目。
过滤文本框将显示的序列限制为那些名称（或描述或序列，取决于复选框）包含该文本的序列。多个搜索词用空格（“ ”）分隔，并作为逻辑AND起作用。因此，在过滤文本框中输入“pgex igf”将仅显示那些名称（或描述）同时包含“pgex”和“igf”的序列。搜索不区分大小写，因此搜索“igf”或“IGF”将没有任何区别。
右侧的复选框将显示限制为DNA、蛋白质（氨基酸序列）和引物的任何组合。如果未选中任何这些选项，则将显示所有类型的条目，包括比对。如前所述，文本搜索可以通过另外两个复选框扩展到序列名称之外，包括描述和序列本身，其中默认情况下启用描述搜索。
根据左列表上方相应复选框的状态，将显示一个或两个列表。要搜索/显示的数据库可以通过下拉框选择。一个全宽列表适合单个数据库的概述，而两个列表则需要在数据库之间移动和复制条目；此外，将在两个数据库上同时运行搜索。
条目将按字母顺序排序。每个条目都与一个小型图标相关联，该图标代表其类型。有用于DNA、氨基酸序列、引物和比对的图标。还有一个项目图标，但只有在打开/保存项目时才会显示这些图标。
可以通过单击鼠标左键选择单个条目。在打开文件时，双击或按RETURN选中条目将打开它。可以通过用鼠标拖动矩形，或按住SHIFT和/或CTRL键选择多个条目。可以通过以下方式打开多选：RETURN.
用鼠标左键抓取选定的条目，然后将它们拖动到另一个列表中，将移动这些条目到该数据库。要复制这些条目，请在将鼠标左键释放到目标列表上时按住CTRL键。
可以通过选定条目的上下文菜单打开、重命名和删除选定条目。
如果您将条目保存到数据库，则列表下方将有一行附加行。它包括一个下拉框，用于选择要将条目保存到的数据库，以及一个用于输入名称的文本框。如果最初从数据库打开该条目，则数据库名称将被记住，否则标准数据库将是默认值。
将条目保存到已存在同名条目的数据库会导致以下情况
- 如果数据库中条目的序列与您尝试保存的条目的序列完全相同，则一个消息框将询问您是否真的要覆盖该条目。
- 如果数据库中条目的序列与您尝试保存的条目的序列不同，则一个消息框将告诉您已阻止此操作。这将避免意外覆盖具有不同序列的条目。如果您非常确定要替换该条目，则必须通过上面介绍的上下文菜单手动删除数据库中的该条目。
目前，GENtle支持sqlite和MySQL数据库，两者都是免费提供的。虽然两者都无缝集成到GENtle中，但它们各有优缺点。一旦设置好，所有功能都可以在所有数据库上使用，无论数据库类型是什么。
“数据库”选项卡列出了所有可以访问的数据库。可以创建新的数据库，并将现有的数据库添加到列表中或从列表中删除。唯一的例外是本地数据库，它是GENtle运行所必需的，因此不能删除。删除数据库不会删除数据库本身，只会删除列表中的条目。
列表中的一个数据库是默认数据库。可以通过选择列表中的默认数据库条目，然后单击设置为默认按钮来设置默认数据库。默认数据库可以保存共享的酶组。
Sqlite已集成到GENtle中，因此不需要任何单独的安装或设置。sqlite数据库由一个以“.db”结尾的单个文件组成。对于每个GENtle安装，都会自动创建一个数据库（“local.db”）。可以在对话框中的“数据库”选项卡上创建新的sqlite数据库，或将现有的sqlite数据库添加到GENtle中。要随身携带这样的数据库（例如，在家里或笔记本电脑上使用），只需复制“.db”文件即可。虽然sqlite数据库易于设置和维护，但它们通过网络共享的速度往往很慢，具体取决于数据库的大小。
MySQL是一个专业的客户端/服务器数据库系统，可以可靠地存储和服务数百万个条目。它非常适合共享数据库，因为即使是大量存储的序列也不会显著降低其速度，即使通过网络也是如此。但是，使用GENtle使用MySQL数据库需要一些步骤
- 网络上的“服务器”计算机，即大部分时间都在运行的计算机，并且最好不要用于直接工作。如果服务器没有运行，或者与网络断开连接，任何人都无法访问MySQL数据库及其存储的序列！
- MySQL服务器软件（4.1可以正常工作，其他版本也可能可以使用），可以免费获得这里。
- 配置MySQL服务器的人员（没有听起来那么复杂）
完成MySQL设置后，可以（由一个人）创建MySQL数据库，并将它们添加到应该有访问权限的所有GENtle客户端中。