荷兰帝国/印尼独立
1945年8月日本投降后两天，苏加诺和民族主义领导人穆罕默德·哈塔宣布印尼独立。荷兰本身才刚刚从德国占领中解放出来，最初缺乏应对的手段，这使得共和国军队能够在广阔的群岛的部分地区（特别是爪哇和苏门答腊）建立事实上的控制。另一方面，在人口密度较低的外岛，双方都没有建立有效的控制，这有时会导致混乱的局面。
最初，英国派兵接替日本，并很快发现自己与新生的政府发生了冲突。英国军队带进来一支小规模的荷兰军队，称为荷兰印度民政局 (NICA)。当一名 NICA 成员在该国第二大城市泗水的一家酒店升起荷兰国旗时，印尼民族主义者冲过守卫酒店的日本代理人，撕掉了国旗上的蓝色条纹，形成了红白相间的印尼国旗。
1945年11月10日，英国军队袭击泗水，导致了血腥的街头巷战。泗水战役是这场战争中最血腥的单次交战，它成功地展示了杂牌民族主义军队的决心。这也让英国不愿卷入一场它不需要的战争，考虑到日本投降后东南亚的资源过于紧张。
因此，荷兰被要求夺回控制权，NICA 部队的数量很快急剧增加。最初，荷兰与共和国谈判，并在林加尔加蒂达成协议，宣布成立“印度尼西亚联合共和国”，这是一个半自治的联邦国家，由荷兰女王担任其首脑。双方越来越多地互相指责违反协议，因此鹰派势力很快就在双方获胜。荷兰方面的一个主要问题是印尼荷兰少数民族的命运，他们中的大多数人在日本统治期间被关押在恶劣的集中营里。印尼人被指控（并且有罪）没有合作解放这些囚犯。
荷兰政府随后组建了一支大型军队，以夺回它认为理所应当属于自己的领土。随后的两次主要军事行动被宣布为“警察行动”，以淡化行动的规模。在这场冲突中，双方都以各种形式犯下了暴行和侵犯人权的行为。估计有 6,000 名荷兰人和 150,000 名印尼人（包括平民）丧生。
尽管荷兰及其土著盟友设法在几乎所有重大交战中击败了共和国军队，并在第二次战役中甚至逮捕了苏加诺本人，但印尼军队在苏迪尔曼将军的领导下继续进行大规模的游击战，苏迪尔曼将军逃脱了荷兰的进攻。在第二次荷兰进攻的前几个月，独立运动内部的共产主义分子发动了一次失败的政变，即马迪安事件，目的是夺取共和国军队的控制权。
由于美国政府威胁要撤回对荷兰二战后重建至关重要的马歇尔计划资金，荷兰政府被迫重新进行谈判，并在海牙举行圆桌会议后，荷兰最终于 1949 年 12 月 27 日承认印尼独立。当时，除了苏门答腊的大部分地区和爪哇的部分地区外，整个印尼都处于荷兰的控制之下。新几内亚是东印度群岛中唯一没有放弃的部分。1959 年，在荷兰新几内亚举行了选举，一个由选举产生的新几内亚委员会于 1961 年 4 月 5 日正式就任，为该地区在本世纪末实现完全独立做准备。1961 年 12 月 1 日，荷兰认可了该委员会对新国歌和晨星作为新国旗的选择。
1961 年 12 月 18 日，印尼试图入侵该地区。在印尼和荷兰军队发生了一些冲突后，双方达成协议，并将该地区置于联合国管理之下，时间为 1962 年 10 月。随后，该地区于 1963 年 5 月转交印尼。该地区于 1969 年被印尼正式吞并。
