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R 编程/出版质量输出

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R 编程

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格式化数字

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可以使用 format() 函数来控制显示对象的位数和其他特性。

> df <- data.frame(x = rnorm(10), y = rnorm(10))
> print(df)
            x          y
1  -0.4350953 -0.6426477
2  -0.5947293 -0.2389625
3  -0.7061850 -2.4382016
4  -0.3384038 -0.6322842
5   0.2713353  0.5396409
6  -1.1144711 -2.0321274
7  -1.0356184  1.7217443
8  -2.6665278 -0.3621377
9   0.2975570  0.1598905
10  1.4631458 -0.7995652
> print(format(df, digits=3, scientific=T))
           x         y
1  -4.35e-01 -6.43e-01
2  -5.95e-01 -2.39e-01
3  -7.06e-01 -2.44e+00
4  -3.38e-01 -6.32e-01
5   2.71e-01  5.40e-01
6  -1.11e+00 -2.03e+00
7  -1.04e+00  1.72e+00
8  -2.67e+00 -3.62e-01
9   2.98e-01  1.60e-01
10  1.46e+00 -8.00e-01

Sweave

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维基百科 有相关信息，请参阅 Sweave

Sweave[1] 是一种文学编程语言，它将 LaTeX 和 R 代码集成在一起。Sweave 文件会生成一个 LaTeX 文件和一个 R 文件，这两个文件都可以被编译。Roger Koenker[2]、Meredith 和 Racine (2009)[3] 以及 Charles Geyer[4] 认为 Sweave 有利于可重复的计量经济学/统计学研究。

Sweave 有一些用于文学编程的替代方案。其中之一是 Babel，它包含在 Emacs Orgmode[5] 中。此工具支持导出到 LaTeX 和 HTML。还可以包含用于各种编程语言（R、Ruby 等）的代码块。

语法

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主要思路是编写一个包含 LaTeX 和 R 代码的文件。LaTeX 代码以@开头，R 代码以<<>>=开头（可以在<<和>>). 

@
% Some LaTeX code
\section{Results}
I show that ...
<<>>=
# Some R code
qnorm(.975)
@
% Some LaTeX code
$$
\Phi^{-1}(.975) = 1.96 
$$

之间包含一些选项）。该文件以扩展名.Rnw或.rnw保存。最后，可以使用Stangle()从该文件中提取一个 R 文件，并使用Sweave()提取一个 LaTeX 文件。以下是一个名为file.Rnw的文件示例，它会生成file.tex和file.R 

> Sweave("file.Rnw")
Writing to file file.tex
Processing code chunks ...
 1 : echo keep.source term verbatim pdf
 2 : echo keep.source term verbatim pdf
> Stangle("file.Rnw")
Writing to file file.R

。然后，您可以对 file.tex 文件运行 LaTeX。这可以通过使用system()函数或texi2dvi(). 

# Example under Windows :
system("pdflatex.exe -shell-escape file.tex") # runs pdflatex
system("open file.pdf") # opens the pdf

函数来实现。请注意，您可能需要从互联网上下载 Sweave.sty 文件，因为它不包含在标准 MikTeX 发行版中。

您也可以使用\Sexpr{}函数在文本中添加结果。

$
\Phi^{-1}(.975) = \Sexpr{qnorm(.975)} 
$

选项

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有一些选项。这些选项可以包含在每个代码块中，也可以包含在 Sweave 命令中。

  • 对于图形，您可以使用fig=T将它们包含在 tex 文件中，或者使用fig=F.

不包含它们。默认情况下，图形将导出为 pdf 和 eps 文件。如果您只需要一种格式，请使用以下选项来抑制另一种格式pdf=F或eps=F选项。

  • 可以使用echo=T将 R 代码显示在 tex 文件中。如果您不想在 tex 文件中包含它，请使用echo=F.
  • 可以使用eval=T来评估 R 代码。如果您不想评估 R 代码，请使用eval=F.
  • 结果
    • results=tex将输出视为 LaTeX 代码
    • results=verbatim将输出视为 Verbatim（默认值）
    • results=hide不在 LaTeX 输出中包含结果

这些选项可以传递给Sweave()函数在文本中添加结果。

Sweave("file.Rnw", pdf = T, eps=F, echo = F, results = "verbatim")

它们也可以传递给每个代码块。

<<fig=T,pdf=T,eps=F>>=
plot(rnorm(100), col = "red")
@

用于 Sweave 的文本编辑器

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Sweave 的主要问题是，很少有文本编辑器包含对 Sweave 的语法高亮显示。以下是一些例外：

  • RStudio 是一款非常好的解决方案。它易于安装和使用，并包含用于运行 Sweave 文件的按钮。
  • Vim 提供对 Sweave 文件的语法高亮显示（R no web syntax）
  • Emacs + ESS (Emacs Speaks Statistics) 提供对 Sweave 文件的全面支持。它包含一个运行 Sweave 文件的键盘快捷键，以及在 LaTeX 和 R 之间切换的语法高亮显示。
  • Eclipse StatET 插件为 Sweave（LaTeX/R）文档提供支持，包括所有基本功能（语法高亮显示、括号匹配、切换注释等），以及 R 代码块的检测功能。

另请参阅

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一些 Sweave 文档示例：

  • Charles Geyer foo.Rnw 示例
  • Julien Barnier 的 R 入门介绍（法语文档）
  • 技巧：在 Google 中输入filetype:Rnw或filetype:Snw即可找到 Sweave 文件
  • 请注意，您可以通过浏览 R 库文件夹找到很多示例。文档通常使用 Sweave 编写，Sweave 文件通常包含在包中。例如，在 np 包的 doc 文件夹中，您可以找到一些示例。

一些讲义：

  • "使用 Sweave 和 DOCSTRIP 进行文学编程"（pdf），作者：Michael Lundholm
  • Charles Geyer 2008 年 "Sweave 演示"（pdf）（简短）
  • 学习使用 APA 风格的 Sweave[6]

一些包

  • pgfSweave 包
  • ascii 包
  • cacheSweave
  • exam 自动生成试卷

一些替代的文学编程包：

  • odfWeave 包，用于使用 OpenOffice 进行 Sweave。
  • knitr 包
  • decumar，由 Hadley Wickham[7] 开发的 R 文学编程接口
  • relax 包
  • wikirobot[8] 与 Sweave 类似，但适用于 MediaWiki。

Pubprint

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Pubprint 是一款小型工具，能够将统计测试的输出转换为可供出版的输出。Pubprint 能够将输出导出为多种格式（HTML、LaTeX、Markdown 和纯文本），但遗憾的是，它只支持 APA 风格（美国心理学会的出版风格）。不过，这种风格使用很广泛，可能在更多情况下都是合适的。

示例

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> library("pubprint")
> pprint(t.test(rnorm(30), rnorm(30)))
[1] "(\\ensuremath{M\\ifmmode_{x}\\else\\textsubscript{x}\\fi=-0.05,M\\ifmmode_{y}\\else\\textsubscript{y}\\fi=0.09,t[57.74]=-0.49,p=.628})"

很明显，pubprint 会打印一个 LaTeX 格式的字符串，但可以更改输出格式（根据手册，pubprint 旨在与 knitr 一起使用，并会自动检测输出格式，如果它与 knitr 一起使用）。

> pp_opts_out$set(pp_init_out("plain"))
> pprint(t.test(rnorm(30), rnorm(30)))
[1] "(M_x=-0.14,M_y=-0.24,t[57.4]=0.41,p=.682)"
> pprint(cor.test(rnorm(30), rnorm(30)))
[1] "(r=-.08,p=.693)"

输出可以粘贴到文档中，也可以包含在 knitr/sweave 语句中。\Sexpr{}语句。

导出到 LaTeX

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R 包含许多函数，这些函数允许它将结果导出到 LaTeX[9]。

通用函数

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toLatex()在 utils 包中。

  • 请注意，toLatex()无法处理矩阵。
  • toLatex()已在 memisc 包中进行修改，以处理矩阵和 ftables。
> toLatex(sessionInfo())
\begin{itemize}
  \item R version 2.2.0, 2005-10-06, \verb|powerpc-apple-darwin7.9.0|
  \item Base packages: base, datasets, grDevices,
    graphics, methods, stats, utils
\end{itemize}
  • mat2tex()（sfsmisc）将矩阵导出到 LaTeX。
  • tex.table()（cwhmisc）包将数据框导出到 LaTeX 表格。
> tex.table(mydat)
\begin{table}[ht]
\begin{center}
\begin{footnotesize}
\begin{tabular}{r|rrr}
\hline
 & y & x1 & x2\\ \hline
1 & -0.09 & -0.37 & -1.04\\ 
2 & 0.31 & 0.19 & -0.09\\ 
3 & 3.78 & 0.58 & 0.62\\ 
4 & 2.09 & 1.40 & -0.95\\ 
5 & -0.18 & -0.73 & -0.54\\ 
6 & 3.16 & 1.30 & 0.58\\ 
7 & 2.78 & 0.34 & 0.77\\ 
8 & 2.59 & 1.04 & 0.46\\ 
9 & -1.96 & 0.92 & -0.89\\ 
10 & 0.91 & 0.72 & -1.1\\ 
\hline
\end{tabular}
\end{footnotesize}
\end{center}
\end{table}


  • xtable()（xtable）将各种对象（包括表格、数据框、lm、aov 和 anova）导出到 LaTeX。
> # lm example
> library(xtable)
> x <- rnorm(100)
> y <- 2*x + rnorm(100)
> lin <- lm(y~x)
> xtable(lin)
% latex table generated in R 2.15.1 by xtable 1.7-0 package
% Sun Sep 23 21:54:04 2012
\begin{table}[ht]
\begin{center}
\begin{tabular}{rrrrr}
  \hline
 & Estimate & Std. Error & t value & Pr($>$$|$t$|$) \\ 
  \hline
(Intercept) & -0.0407 & 0.0984 & -0.41 & 0.6803 \\ 
  x & 2.0466 & 0.1043 & 19.63 & 0.0000 \\ 
   \hline
\end{tabular}
\end{center}
\end{table}

> # table example
> x <- sample(1:10, 30, replace = T)
> tab <- table(x)
> tab <- cbind(tab, prop.table(tab))
> colnames(tab) <- c("N.", "Prop.")
> xtable(tab, digits = c(0, 0, 2))
% latex table generated in R 2.15.1 by xtable 1.7-0 package
% Sun Sep 23 22:06:36 2012
\begin{table}[ht]
\begin{center}
\begin{tabular}{rrr}
  \hline
 & N. & Prop. \\ 
  \hline
1 & 5 & 0.17 \\ 
  3 & 1 & 0.03 \\ 
  4 & 3 & 0.10 \\ 
  5 & 6 & 0.20 \\ 
  6 & 5 & 0.17 \\ 
  7 & 3 & 0.10 \\ 
  8 & 2 & 0.07 \\ 
  9 & 2 & 0.07 \\ 
  10 & 3 & 0.10 \\ 
   \hline
\end{tabular}
\end{center}
\end{table}

另请参阅：

  • 由 Romain François 开发的 highlight 包将 R 代码导出到 LaTeX 和 HTML。
  • format.df()和latex()在 Hmisc 包中。
  • MEMISC 和 quantreg 包包含其他latex()函数在文本中添加结果。

描述性统计

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  • estout 包。
  • reporttools 包包含一些用于描述性统计表的功能[10]。

估计结果

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  • stargazer 包提供了一种简单的方法来将回归结果导出到 LaTeX[11]。
  • texreg 提供了相同的功能[12]。
  • estout 包提供类似于 Stata 的函数esttab和estout实用程序[13]。估计使用eststo()存储，并使用esttab()打印。它们可以导出到 CSV 和 LaTeX。这些函数支持lm, glm和plm对象（参见 plm 包）。
  • apsrtable()(apsrtable) 以类似于美国政治科学评论出版标准的方式将多个回归的结果导出到 LaTeX。
  • Thextable(xtable 包) 导出数据框、矩阵、估计结果[14]。xtable()也可以用来将结果导出到 HTML 文件。
  • The outreg() function[15] developped by Paul Johnson is similar to the Stataoutreg[16] function. See "R you ready ?" post on this topic.
  • mtable()和toLatex()in the 'memisc package.
N <- 10^3
u <- rnorm(N)
x1 <- rnorm(N)
x2 <- x1 + rnorm(N)
y <- 1 + x1 + x2 + u
lm1 <- lm(y ~ x1 + x2 )
lm2 <- lm(y ~ x1 + x2 + I(x1*x2))

library(estout)
estclear() # clear all the eststo objects
eststo(lm1) 
eststo(lm2)
esttab() # print it

library("apsrtable")
apsrtable(lm1,lm2)

library(xtable)
xtable(lm1)
tab <- xtable(lm1)
print(tab,type="html")

source("http://pj.freefaculty.org/R/WorkingExamples/outreg-worked.R")
outreg(list(lm1,lm2))

library("memisc")
toLatex(mtable(lm1,lm2))

导出到 HTML

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rpublisher[17] 是一种文学编程语言，可以将结果发布到 HTML 中（它基于 python，最后一次更新是在 2008 年）。


See R2HTML, xtable, hwriter, prettyR, highlight, HTMLUtils


wiki.table()in the hacks package export a matrix or a dataframe into Mediawiki table markup (as used on this wiki and many others).

> wiki.table(matrix(1:16,4),caption="Test")
{|  
|+ Test 
| 1 || 5 || 9 || 13 
|-
| 2 || 6 || 10 || 14 
|-
| 3 || 7 || 11 || 15 
|-
| 4 || 8 || 12 || 16 
|}

参考文献

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  1. ↑ The Sweave Homepage http://www.stat.uni-muenchen.de/~leisch/Sweave/
  2. ↑ http://www.econ.uiuc.edu/~roger/repro.html
  3. ↑ Meredith, E. and J.S. Racine (2009), “Towards Reproducible Econometric Research: The Sweave Framework,” Journal of Applied Econometrics, Volume 24, pp 366-374.
  4. ↑ Charles Geyer "Why Reproducible Research is the Right Thing" http://www.stat.umn.edu/~charlie/Sweave/
  5. ↑ Babel in Emacs Orgmode http://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/intro.html
  6. ↑ Ista ZahnLearning To Sweave in APA Style, The PracTeX Journal 2008, 1
  7. ↑ decumar git archive : http://github.com/hadley/decumar
  8. ↑ wikirobot http://r-forge.r-project.org/projects/wikirobot/
  9. ↑ See the LaTeX Wikibook if you want to learn about LaTeX
  10. ↑ reporttools: R Functions to Generate LaTeX Tables of Descriptive Statistics
  11. ↑ http://www.r-statistics.com/2013/01/stargazer-package-for-beautiful-latex-tables-from-r-statistical-models-output/
  12. ↑ http://www.r-bloggers.com/texreg-a-package-for-beautiful-and-easily-customizable-latex-regression-tables-from-r/
  13. ↑ estout : http://repec.org/bocode/e/estout/
  14. ↑ xtable on dataninja blog
  15. ↑ The outreg() function http://pj.freefaculty.org/R/WorkingExamples/outreg-worked.R
  16. ↑ Stata outreg http://ideas.repec.org/c/boc/bocode/s375201.html
  17. ↑ rpublisher : http://code.google.com/p/rpublisher/
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