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R 编程/出版质量输出

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R 编程

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格式化数字

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您可以使用 format() 函数来控制显示对象的位数和其他特征。

> df <- data.frame(x = rnorm(10), y = rnorm(10))
> print(df)
            x          y
1  -0.4350953 -0.6426477
2  -0.5947293 -0.2389625
3  -0.7061850 -2.4382016
4  -0.3384038 -0.6322842
5   0.2713353  0.5396409
6  -1.1144711 -2.0321274
7  -1.0356184  1.7217443
8  -2.6665278 -0.3621377
9   0.2975570  0.1598905
10  1.4631458 -0.7995652
> print(format(df, digits=3, scientific=T))
           x         y
1  -4.35e-01 -6.43e-01
2  -5.95e-01 -2.39e-01
3  -7.06e-01 -2.44e+00
4  -3.38e-01 -6.32e-01
5   2.71e-01  5.40e-01
6  -1.11e+00 -2.03e+00
7  -1.04e+00  1.72e+00
8  -2.67e+00 -3.62e-01
9   2.98e-01  1.60e-01
10  1.46e+00 -8.00e-01

Sweave

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维基百科 在 Sweave 中提供了相关信息。

Sweave[1] 是一种文学化编程语言，它将 LaTeX 和 R 代码集成在一起。Sweave 文件会生成一个 LaTeX 文件和一个 R 文件，这两个文件可以被编译。Roger Koenker[2]、Meredith 和 Racine (2009)[3] 以及 Charles Geyer[4] 认为 Sweave 有利于可重复的计量经济学/统计学研究。

对于文学化编程，Sweave 有一些替代方法。其中之一是 Babel，它包含在 Emacs Orgmode[5] 中。该工具允许导出到 LaTeX 和 HTML。它还允许包含用于各种编程语言（R、Ruby 等）的代码块。

语法

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主要思想是编写一个包含 LaTeX 和 R 代码的文件。LaTeX 代码以@开头，R 代码以<<>>=开头（一些选项可以包含在<<和>>). 

@
% Some LaTeX code
\section{Results}
I show that ...
<<>>=
# Some R code
qnorm(.975)
@
% Some LaTeX code
$$
\Phi^{-1}(.975) = 1.96 
$$

之间）。该文件以扩展名.Rnw或.rnw. 最后，您使用以下命令从该文件提取 R 文件Stangle()以及使用以下命令提取 LaTeX 文件Sweave(). 以下是一个名为file.Rnw的文件示例，它生成file.tex和file.R 

> Sweave("file.Rnw")
Writing to file file.tex
Processing code chunks ...
 1 : echo keep.source term verbatim pdf
 2 : echo keep.source term verbatim pdf
> Stangle("file.Rnw")
Writing to file file.R

然后，您可以对您的 file.tex 运行 LaTeX。这可以使用以下命令完成system()函数或texi2dvi(). 

# Example under Windows :
system("pdflatex.exe -shell-escape file.tex") # runs pdflatex
system("open file.pdf") # opens the pdf

请注意，您可能需要从互联网下载 Sweave.sty，因为它不是标准 MikTeX 发行版的一部分。

您还可以使用以下命令在文本中添加结果\Sexpr{}函数。

$
\Phi^{-1}(.975) = \Sexpr{qnorm(.975)} 
$

选项

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有一些选项。这些选项可以包含在每个代码块中或在 Sweave 命令中。

  • 对于图形，您可以使用以下命令将其包含在 tex 文件中fig=T或使用以下命令将其排除在外fig=F.

默认情况下，图形以 pdf 和 eps 文件形式导出。如果您只需要一种格式，请使用以下命令抑制另一种格式pdf=F或eps=F选项。

  • R 代码可以使用以下命令显示在 tex 文件中echo=T. 如果您不想将其包含在 tex 文件中，请使用echo=F.
  • R 代码可以使用以下命令进行评估eval=T. 如果您不想评估 R 代码，请使用eval=F.
  • 结果 
    • results=tex将输出视为 LaTeX 代码
    • results=verbatim将输出视为 Verbatim（默认值）
    • results=hide不在 LaTeX 输出中包含结果

这些选项可以传递给Sweave()函数。

Sweave("file.Rnw", pdf = T, eps=F, echo = F, results = "verbatim")

它们也可以传递给每个代码块。

<<fig=T,pdf=T,eps=F>>=
plot(rnorm(100), col = "red")
@

Sweave 的文本编辑器

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Sweave 的主要问题是很少有文本编辑器包含对 Sweave 的语法高亮显示功能。以下是一些例外 

  • RStudio 是一款非常好的解决方案。它易于安装和使用，并包含运行 Sweave 文件的按钮。
  • Vim 为 Sweave 文件提供语法高亮显示 (R no web syntax)
  • Emacs + ESS (Emacs Speaks Statistics) 为 Sweave 文件提供完全支持。它包括运行 Sweave 文件的键盘快捷键和在 LaTeX 和 R 之间切换的语法高亮显示。
  • Eclipse StatET 插件为 Sweave (LaTeX/R) 文档提供支持，其中包含所有基本功能（语法高亮显示、括号匹配、切换注释等），并能检测到 R 代码块。

另请参见

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一些 Sweave 文档示例 

  • Charles Geyer foo.Rnw 示例
  • Julien Barnier 的 R 入门（法语文档）
  • 技巧 : 输入filetype:Rnw或filetype:Snw在 Google 中搜索以获取 Sweave 文件
  • 请注意，您可以在 R 库文件夹中浏览以找到大量示例。文档通常使用 Sweave 编写，并且 Sweave 文件通常包含在包中。例如，请参阅 **np** 包中的 doc 文件夹。

一些讲义 

  • "用 Sweave 和 DOCSTRIP 进行文学编程" (pdf) 作者：Michael Lundholm
  • Charles Geyer 2008 "Sweave 演示" (pdf)（简短）
  • 用 APA 风格学习 Sweave[6]

一些软件包

  • pgfSweave 包
  • ascii 包
  • cacheSweave
  • exam 自动生成试卷

一些替代文学编程包 

  • odfWeave 包，用于使用 OpenOffice 进行 Sweave。
  • knitr 包
  • decumar，由 Hadley Wickham 开发的 R 文学编程界面[7]
  • relax 包
  • wikirobot[8] 与 Sweave 类似，但适用于 MediaWiki。

Pubprint

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Pubprint 是一款小型实用程序，能够将统计检验的输出转换为可发表的输出。Pubprint 能够将输出导出为多种格式（HTML、LaTeX、Markdown 和纯文本），但不幸的是仅支持 APA 风格（美国心理学会的出版风格）。然而，这种风格被广泛使用，并且可能在更多情况下适用。

示例

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> library("pubprint")
> pprint(t.test(rnorm(30), rnorm(30)))
[1] "(\\ensuremath{M\\ifmmode_{x}\\else\\textsubscript{x}\\fi=-0.05,M\\ifmmode_{y}\\else\\textsubscript{y}\\fi=0.09,t[57.74]=-0.49,p=.628})"

显然，pubprint 打印的是 LaTeX 格式的字符串，但可以更改输出格式（根据手册，pubprint 旨在与 knitr 一起使用，如果与 knitr 一起使用，它会自动检测输出格式）

> pp_opts_out$set(pp_init_out("plain"))
> pprint(t.test(rnorm(30), rnorm(30)))
[1] "(M_x=-0.14,M_y=-0.24,t[57.4]=0.41,p=.682)"
> pprint(cor.test(rnorm(30), rnorm(30)))
[1] "(r=-.08,p=.693)"

输出可以粘贴到文档中，也可以包含在 knitr/sweave 中\Sexpr{}语句。

导出到 LaTeX

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R 具有许多函数，允许它将结果导出到 LaTeX[9]。

通用函数

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toLatex()位于 **utils** 包中。

  • 请注意toLatex()不处理矩阵。
  • toLatex()已在 **memisc** 包中进行修改，以处理矩阵和 ftables。
> toLatex(sessionInfo())
\begin{itemize}
  \item R version 2.2.0, 2005-10-06, \verb|powerpc-apple-darwin7.9.0|
  \item Base packages: base, datasets, grDevices,
    graphics, methods, stats, utils
\end{itemize}
  • mat2tex()（**sfsmisc**）将矩阵导出到 LaTeX。
  • tex.table()（**cwhmisc**）包将数据框导出到 LaTeX 表格。
> tex.table(mydat)
\begin{table}[ht]
\begin{center}
\begin{footnotesize}
\begin{tabular}{r|rrr}
\hline
 & y & x1 & x2\\ \hline
1 & -0.09 & -0.37 & -1.04\\ 
2 & 0.31 & 0.19 & -0.09\\ 
3 & 3.78 & 0.58 & 0.62\\ 
4 & 2.09 & 1.40 & -0.95\\ 
5 & -0.18 & -0.73 & -0.54\\ 
6 & 3.16 & 1.30 & 0.58\\ 
7 & 2.78 & 0.34 & 0.77\\ 
8 & 2.59 & 1.04 & 0.46\\ 
9 & -1.96 & 0.92 & -0.89\\ 
10 & 0.91 & 0.72 & -1.1\\ 
\hline
\end{tabular}
\end{footnotesize}
\end{center}
\end{table}


  • xtable()（**xtable**）将各种对象（包括表格、数据框、lm、aov 和 anova）导出到 LaTeX。
> # lm example
> library(xtable)
> x <- rnorm(100)
> y <- 2*x + rnorm(100)
> lin <- lm(y~x)
> xtable(lin)
% latex table generated in R 2.15.1 by xtable 1.7-0 package
% Sun Sep 23 21:54:04 2012
\begin{table}[ht]
\begin{center}
\begin{tabular}{rrrrr}
  \hline
 & Estimate & Std. Error & t value & Pr($>$$|$t$|$) \\ 
  \hline
(Intercept) & -0.0407 & 0.0984 & -0.41 & 0.6803 \\ 
  x & 2.0466 & 0.1043 & 19.63 & 0.0000 \\ 
   \hline
\end{tabular}
\end{center}
\end{table}

> # table example
> x <- sample(1:10, 30, replace = T)
> tab <- table(x)
> tab <- cbind(tab, prop.table(tab))
> colnames(tab) <- c("N.", "Prop.")
> xtable(tab, digits = c(0, 0, 2))
% latex table generated in R 2.15.1 by xtable 1.7-0 package
% Sun Sep 23 22:06:36 2012
\begin{table}[ht]
\begin{center}
\begin{tabular}{rrr}
  \hline
 & N. & Prop. \\ 
  \hline
1 & 5 & 0.17 \\ 
  3 & 1 & 0.03 \\ 
  4 & 3 & 0.10 \\ 
  5 & 6 & 0.20 \\ 
  6 & 5 & 0.17 \\ 
  7 & 3 & 0.10 \\ 
  8 & 2 & 0.07 \\ 
  9 & 2 & 0.07 \\ 
  10 & 3 & 0.10 \\ 
   \hline
\end{tabular}
\end{center}
\end{table}

另请参见 

  • 由 Romain François 开发的 **highlight** 包将 R 代码导出到 LaTeX 和 HTML。
  • format.df()和latex()位于 **Hmisc** 包中。
  • **MEMISC** 和 **quantreg** 包包含其他latex()函数。

描述性统计

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  • estout 包。
  • reporttools 包包含一些用于描述性统计表格的函数[10]。

估计结果

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  • stargazer 包提供了一种将回归结果导出到 LaTeX 的简便方法[11]
  • texreg 提供了相同的功能[12]。
  • estout 包提供了与 Stata 的类似函数esttab和estout实用程序[13]。估计值使用以下命令存储eststo()并使用以下命令打印esttab(). 它们可以导出到 CSV 和 LaTeX。这些函数支持lm, glm和plm对象（请参阅 **plm** 包）。
  • apsrtable()（**apsrtable**）将多个回归的结果导出到 LaTeX，其方式类似于《美国政治科学评论》出版标准。
  • 该xtable（**xtable** 包）导出数据框、矩阵、估计结果[14]。xtable()也可以用于将结果导出到 HTML 文件。
  • 由 Paul Johnson 开发的 outreg() 函数[15] 与 Stataoutreg[16] 函数相似。请参阅 "R you ready ?" 博文，了解此主题的信息。
  • mtable()和toLatex()位于 'memisc 包中。
N <- 10^3
u <- rnorm(N)
x1 <- rnorm(N)
x2 <- x1 + rnorm(N)
y <- 1 + x1 + x2 + u
lm1 <- lm(y ~ x1 + x2 )
lm2 <- lm(y ~ x1 + x2 + I(x1*x2))

library(estout)
estclear() # clear all the eststo objects
eststo(lm1) 
eststo(lm2)
esttab() # print it

library("apsrtable")
apsrtable(lm1,lm2)

library(xtable)
xtable(lm1)
tab <- xtable(lm1)
print(tab,type="html")

source("http://pj.freefaculty.org/R/WorkingExamples/outreg-worked.R")
outreg(list(lm1,lm2))

library("memisc")
toLatex(mtable(lm1,lm2))

导出到 HTML

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rpublisher[17] 是一种文学编程语言，它将结果发布为 HTML 格式（它基于 python，最后更新于 2008 年）。


参见 R2HTML、xtable、hwriter、prettyR、highlight、HTMLUtils


wiki.table()在 hacks 包中，将矩阵或数据框导出到 Mediawiki 表格标记（如本维基和其他许多维基中使用的那样）。

> wiki.table(matrix(1:16,4),caption="Test")
{|  
|+ Test 
| 1 || 5 || 9 || 13 
|-
| 2 || 6 || 10 || 14 
|-
| 3 || 7 || 11 || 15 
|-
| 4 || 8 || 12 || 16 
|}

参考文献

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  1. ↑ Sweave 主页 http://www.stat.uni-muenchen.de/~leisch/Sweave/
  2. ↑ http://www.econ.uiuc.edu/~roger/repro.html
  3. ↑ Meredith, E. 和 J.S. Racine (2009)，“迈向可复制计量经济学研究：Sweave 框架”，《应用计量经济学杂志》，第 24 卷，第 366-374 页。
  4. ↑ Charles Geyer "为什么可复制研究是正确的" http://www.stat.umn.edu/~charlie/Sweave/
  5. ↑ Emacs Orgmode 中的 Babel http://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/intro.html
  6. ↑ Ista Zahn学习使用 APA 风格的 Sweave，《PracTeX 杂志》2008 年，第 1 期
  7. ↑ decumar git 存档 : http://github.com/hadley/decumar
  8. ↑ wikirobot http://r-forge.r-project.org/projects/wikirobot/
  9. ↑ 如果您想了解 LaTeX，请参见 LaTeX Wikibook
  10. ↑ reporttools：用于生成描述性统计的 LaTeX 表格的 R 函数
  11. ↑ http://www.r-statistics.com/2013/01/stargazer-package-for-beautiful-latex-tables-from-r-statistical-models-output/
  12. ↑ http://www.r-bloggers.com/texreg-a-package-for-beautiful-and-easily-customizable-latex-regression-tables-from-r/
  13. ↑ estout : http://repec.org/bocode/e/estout/
  14. ↑ xtable 在 dataninja 博客上的介绍
  15. ↑ outreg() 函数 http://pj.freefaculty.org/R/WorkingExamples/outreg-worked.R
  16. ↑ Stata outreg http://ideas.repec.org/c/boc/bocode/s375201.html
  17. ↑ rpublisher : http://code.google.com/p/rpublisher/
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