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结构生物化学/有机化学/核酸(DNA)

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核酸的结构和术语

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脱氧核糖核酸 (DNA)核糖核酸 (RNA) 是两种类型的 核酸。的结构 DNA 不同于 RNA 只是因为 DNA 分子在糖环的 2' 碳原子上没有羟基。缺少的羟基使 DNA 免受水解,使其比 RNA 的核糖糖更稳定。

核酸中的糖通过一个磷酸二酯键连接在一起,该键位于一个 的 3' 碳和另一个糖的 5' 碳之间。

脱氧核糖
核糖

磷酸二酯键 带有负电荷,以排斥氢氧根离子的亲核攻击,并且不易受水解攻击。这种负电荷以及 DNA 的 2' 碳上没有羟基,使 DNA 分子比 RNA 分子更稳定,这可以解释为什么 DNA 是所有细胞的遗传信息载体。

由磷酸二酯键构成的糖链构成了 核酸 的骨架。每种核酸的骨架都是相同的,但每种糖可以包含四种不同的碱基之一。其中两种碱基,(A)腺嘌呤鸟嘌呤 (G),是 嘌呤 的衍生物。另外两种碱基,胞嘧啶 (C)胸腺嘧啶 (T)嘧啶 的衍生物。

核糖与脱氧核糖不同,它含有一个叫做 尿嘧啶 (U) 的碱基,而不是 胸腺嘧啶 (T)。胸腺嘧啶在 5-碳原子上有一个额外的甲基,使其略微不同于尿嘧啶。

核苷是糖和碱基的结合体。

DNA 中的核苷被称为脱氧腺苷、脱氧鸟苷、脱氧胞苷和胸腺嘧啶核苷,而 RNA 中的核苷被称为腺苷、鸟苷、胞苷和尿苷。如果碱基是嘌呤,则 N-9(氮)与糖的 C-1'(碳)键合。如果碱基是嘧啶,则 N-1 与糖的 C-1' 键合。

核苷酸是通过酯键与一个或多个磷酸基团连接的核苷。因此,它包含糖、碱基和磷酸盐。核苷酸是形成 DNARNA 链的单体。

大多数核苷酸是通过将磷酸基团连接到糖的 C-5' 来形成的。但是,一些核苷酸也是通过将磷酸基团连接到糖的 C-3' 来形成的。构成 DNA 的四种核苷酸被称为脱氧腺苷酸、脱氧鸟苷酸、脱氧胞苷酸和胸腺嘧啶核苷酸。

一个 DNA 链具有极性。链的一端将有一个游离的 5' OH 基团。另一端将有一个游离的 3' OH 基团。按照惯例,DNA 链的碱基序列从 5' 端到 3' 端书写。

的的三维结构 DNA 是一个双螺旋。这两个螺旋围绕着一个共同的轴线盘绕,并且它们朝相反的方向运行。螺旋的亲水骨架构成螺旋的外侧,而疏水的碱基构成螺旋的内侧。DNA 的螺旋结构通过 氢键 稳定,氢键存在于互补碱基对之间。嘌呤比嘧啶大,因此为了具有规则结构,碱基对在嘌呤和嘧啶之间形成。DNA 的碱基对是腺嘌呤 (A) 与胸腺嘧啶 (T) 和鸟嘌呤 (G) 与胞嘧啶 (C)。在 RNA 中,胸腺嘧啶被尿嘧啶 (U) 取代。DNA 结构通过 范德华力 进一步稳定,范德华力存在于碱基对堆叠和骨架糖的刚性五元环结构之间。

RNA

RNA 是核酸,其单链螺旋结构由含氮碱基、核糖糖和磷酸基团的核苷酸构成;构成 RNA 的碱基是腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶和尿嘧啶,其中嘧啶碱基的 1' 氮和嘌呤碱基的 9' 氮通过糖苷键与戊糖的 1' 碳键合;腺嘌呤和尿嘧啶的碱基对分别与胞嘧啶和鸟嘌呤氢键连接;核糖是戊糖,其碳原子从 1' 到 5' 编号,并且在 2' 碳上有一个羟基;核糖糖的 3' 和 5' 碳通过磷酸二酯键与磷酸基团键合;更重要的是,该结构为 A 型几何形状,其结构为宽而薄的主沟和扁平而宽的次沟,该结构可以自我折叠形成二级结构,如 tRNA 和 rRNA,二级结构通过氢键、环域和金属离子(如 Mg 2+)稳定,形成特定的三级形式。

DNA 和 RNA 中发现的含氮碱基列表

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名称 缩写 结构 分类 存在于
胞嘧啶
C
嘧啶 DNA,RNA
胸腺嘧啶
T
嘧啶 DNA
尿嘧啶
U
嘧啶 RNA
腺嘌呤
A
嘌呤 DNA,RNA
鸟嘌呤
G
嘌呤 DNA,RNA

参考文献

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Berg, Jeremy; Tymoczko, John; Stryer, Lubert. 生物化学,第 6 版。W.H. Freeman and Company. 2007.

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