日本史：从神话到民族/室町时代/
镰仓幕府的推翻是由两个或多或少结盟的团体完成的。一方面是后醍醐天皇，他渴望结束幕府统治，并在天皇领导下重建中央集权。另一方面是不满的武士，由源氏的两支领导，他们渴望推翻北条氏，但保留幕府，并由他们自己控制。自然而然，双方很快就发生了冲突。
由此产生的内战被称为南北朝战争，因为在某个时候，双方都承认了皇族两个敌对分支中的一个。除了最初阶段，这不是一场有前线和组织策略的正常战争。它非常零星，几乎所有参与者都至少换过一次边。实际上发生的是，足利尊氏建立了一个新的幕府，通常被称为室町幕府，以其总部所在的京都地区命名。任何与幕府有争端的人都可以选择宣布自己是南朝的支持者（有一段时期足利氏官方支持南朝，而他们的敌人则是北朝，但通常情况相反），这样他就不是一个单纯的叛乱者。
战争的结果是确立了一种普遍的状况，即合法性相对不重要，而军事力量控制地面才是最重要的。足利氏使用的行省行政制度完全依赖于封建制度。足利氏的家臣被任命为守护，由他们负责通过在行省内建立自己的封建组织来获得对行省的实际控制。该国有相当一部分地区，足利氏没有试图直接统治，而是让盟友形成自己的封建集团。然而，在本篇所述时期结束时（1408年，足利幕府中最有能力和最有权势的将军义满去世），朝廷已经统一，公开的反对已经被压制。
在此期间，大多数源于古代日本的制度安排都消失了。农村出现了新的社会组织形式，庄园消失了，取而代之的是以自治的农民村庄为基础的制度。京都变成了一个真正的城市，并且开始出现由平民建立和管理的新城市。货币经济开始运作，并且出现了早期版本的工业和银行。识字率迅速提高，与早期相比，文学作品大量涌现。这是日本封建社会最像欧洲封建社会（13世纪）的历史节点。
建武新政（建武の新政 Kenmu no shinsei）（1333-1336）指的是日本历史上镰仓时代和室町时代之间三年的一段时期，以及在此期间发生的政治事件。新政是后醍醐天皇为使皇室及其代表的贵族重掌权力而做出的努力，从而在近一个半世纪的军事统治之后恢复文治政府。这次试图复兴的努力最终失败，取而代之的是足利幕府（1336-1575）。这是天皇直到1867年明治维新之前最后一次拥有权力。皇室在这三年中犯下的诸多严重政治错误，在接下来的几十年里产生了重要的影响，并最终导致了足利幕府的兴起。
自从源赖朝于1192年从天皇那里获得征夷大将军的称号，并在镰仓统治以来，天皇的地位就被源氏和北条氏所篡夺。由于各种原因，镰仓幕府决定允许两个相互竞争的皇室血统——即南朝或庶长子一系，以及北朝或嫡长子一系——轮流登上皇位。这种方法在几次继位中都奏效，直到南朝的一位成员作为后醍醐天皇登上了皇位。后醍醐天皇想要推翻幕府，并公然违抗镰仓，任命自己的儿子为继承人。1331年，幕府流放了后醍醐天皇，但包括楠木正成在内的忠臣起义并前来支持他。他们得到了足利尊氏等人的援助，足利尊氏是一名武士，在被派去镇压后醍醐天皇的叛乱时背叛了镰仓。与此同时，另一位东部首领新田义贞也叛乱对抗幕府，攻击其首都（1333年镰仓之役）。幕府试图抵挡他前进的步伐，但很快土崩瓦解。
当后醍醐天皇于1318年登基时，他立即表明了在没有镰仓军事干预的情况下统治的意图。历史文献表明，他及其顾问不顾相反的证据，认为皇室和贵族的命运复兴是可能的，而镰仓幕府是最大、最明显的障碍。另一个需要解决的情况是庄园及其土地带来的土地所有权问题（参见庄园条目）。拥有巨大政治独立权和免税权的大地主（守护和地头）使政府陷入贫困并削弱了其权威，而北畠亲房，后醍醐天皇未来的首席顾问，在他的继承著作中讨论了这种情况。亲房承认没有人打算废除这些特权，因此在这方面取得成功的希望从一开始就非常渺茫。他计划用什么来取代守护和地头尚不清楚，但他肯定无意与武士阶级分享权力。无论土地所有权问题多么严重，后醍醐天皇及其顾问都没有认真努力解决它，部分原因是来自西部行省庄园的武士为他击败了幕府。在这种情况下，任何规范庄园的努力都必然会导致关键盟友的怨恨。
事后看来，建武新政是一场失败。它失败的原因有很多，其中最主要的是后醍醐天皇不切实际地想要回到他认为的黄金时代。尽管没有证据表明他像亲房那样想回到平安时代的政策，但有明确的证据表明他相信不仅可以恢复皇权，还可以恢复其文化。他甚至撰写了一篇名为《建武年中行事》的论文，旨在恢复已经废弃的宫廷仪式。1336年，足利尊氏叛乱对抗朝廷，宣布一个新的武士政权的开始。在他的宣言之后，在北畠显家率领的皇室军队在京都附近攻击并击败了他之后，他被迫退到九州。尊氏对建武新政的背叛玷污了他后来的声誉，并正式开始了南北朝战争。以前的史学观点试图从在土地赏赐方面效率低下这一层面来审视新政的失败；然而，现在很清楚的是，在新政最重要的层面，即确定土地纠纷案件的司法机构，新政是有效的。这迫使我们得出结论，尊氏的叛乱和创建新的武士政权的愿望是新政失败的主要决定因素。他的叛乱鼓舞了大量不满的武士（总有一些人的请愿没有得到满足），他们渴望看到建立一个以镰仓为模式的另一个武士政权。
南北朝战争是忠于天皇、希望天皇复位的拥护者与效仿镰仓幕府建立新的武士政权的势力之间的一场意识形态斗争。这就像日本历史上之前的两个时期，平安时代和镰仓时代，在意识形态层面上发生了冲突。像北畠亲房这样的贵族武士在工具层面认识到武士参与复兴的必要性，但在意识形态层面，亲房与尊氏之间的严重分歧导致领导者们在未来许多年里都处于对立状态。室町幕府的兴起是在战争时期应运而生的，紧随复兴的失败而来。在下一章中，我们将看到南北朝时期，这是一场幕府与北朝对抗南朝的意识形态斗争，南朝由后醍醐天皇建立。