分子模拟

这是一本关于物质计算机模拟的书籍。特别地，它关注凝聚态物质（例如液体）。本书建立在统计热力学的框架之上。它旨在作为分子模拟高级本科/研究生物理化学课程的教科书。

目录

1. 分子间力
   1. 电荷-电荷相互作用
   2. 电荷-偶极相互作用
   3. 偶极-偶极相互作用
   4. 四极-四极相互作用
   5. 感应极化
   6. 排斥相互作用
   7. 氢键
   8. 旋转平均
   9. 莱纳德-琼斯势
   10. 分子内力
   11. 分子力场
   12. 使用量子化学计算分子间力
2. 经典统计热力学
   1. 统计特性
   2. 热力学系综
   3. 相空间
   4. 稀薄气体
   5. 平均力势
   6. 朗之万动力学
3. 模拟方法
   1. 周期性边界条件
   2. 长程力的处理
   3. 蒙特卡罗方法
   4. 分子动力学
   5. 正则系综和等温等压系综的分子动力学
   6. 伞形抽样
   7. 自由能方法
   8. 副本交换分子动力学
   9. 粗粒模型
   10. 可极化力场
4. 液体性质
   1. 径向分布函数
   2. 介电常数
   3. 扩散系数
   4. 界面性质
   5. 输运性质
5. 固体性质
   1. 固体
6. 通过分子模拟理解化学
   1. 疏水溶剂化
   2. 膜渗透性
   3. 蛋白质折叠
7. 附录
   1. 变量定义
   2. 使用 NAMD 进行分子动力学模拟
8. 示例问题
   1. 示例问题 1：库仑相互作用
   2. 示例问题 2：电荷-偶极相互作用
   3. 示例问题 3：偶极-偶极相互作用
   4. 示例问题 4：四极-四极相互作用
   5. 示例问题 5：莱纳德-琼斯势
   6. 示例问题 6：方向平均相互作用